Trong khi tín hữu Anh giáo thừa nhận cuộc ly giáo dưới triều Henry VIII (1509-1547) là nhân tố khai sinh Giáo hội Anh như một thực thể độc lập, họ nhấn mạnh đến tính liên tục của giáo hội từ trước cuộc Cải cách Kháng Cách. Bộ máy tổ chức của giáo hội đã được thiết lập tại Hội nghị Herford năm 673, khi các Giám mục Anh lần đầu tiên cùng làm việc trong một thể chế, dưới quyền lãnh đạo của Tổng Giám mục thành Canterbury. Kể từ Định chế tôn giáo thời Elizabeth I (1558-1603), Giáo hội Anh thừa hưởng di sản từ cả Công giáo và Kháng Cách, với quân vương nước Anh được đặt vào vị trí đứng đầu giáo hội. Tuy nhiên, vua nước Anh không có vai trò nào trong các giáo hội thuộc cộng đồng Anh giáo tại các quốc gia khác trên thế giới.

Cuộc cải cách tại Anh khởi đầu với những mục tiêu chính trị của vua Henry VIII. Nhà vua muốn "hủy bỏ hôn nhân" với vợ là Catherine của Aragon để kết hôn chính thức với Anne Boleyn, với lý do là hoàng hậu không có hoàng tử để thừa kế ngai vàng, nhưng Giáo hoàng Clement VII từ khước. Cùng lúc, nhà vua nhận thấy sự cần thiết và những lợi ích chính trị và kinh tế khi ly khai khỏi Công giáo Rô-ma và thành lập Giáo hội Anh mà nhà vua là người đứng đầu giáo hội. Đạo luật Quyền Tối thượng năm 1534 tuyên bố vua Henry VIII là "Lãnh đạo Tối cao duy nhất trên đất" của Giáo hội Anh. Các đạo luật khác như luật giải thể tu viện năm 1542 mang một số lượng lớn các loại tài sản của tu viện Công giáo vào tay nhà vua, rồi sau đó vào tay các nhà quý tộc. Điều này tạo nên các nguồn vật chất lớn lao hỗ trợ cho giáo hội mới vừa độc lập trên lãnh thổ nước Anh, dưới quyền cai trị của một quân vương.

Tuy nhiên, người thiết lập nền thần học đặc thù cho Anh giáo là Tổng Giám mục Canterbury Thomas Cranmer với sự tiếp bước của Richard Hooker và Lancelot Andrewes. Cranmer được hưởng nền giáo dục tại Âu châu lục địa, chịu ảnh hưởng tư tưởng cải cách, và vì vậy, mặc dù là một linh mục, ông đã kết hôn. Bởi vì Cranmer và các nhà lãnh đạo khác của Giáo hội Anh được tấn phong bởi các Giám mục theo quyền kế thừa các sứ đồ, các vị này lại truyền chức cho những linh mục khác, Anh giáo được xem là vẫn duy trì quyền kế thừa các sứ đồ.

Trong thời trị vì ngắn ngủi của vua Edward VI, con trai của Henry, Cranmer đã thành công đáng kể trong nỗ lực đem Giáo hội Anh đến gần với lập trường Thần học Calvin. "Sách Cầu nguyện chung" ra đời trong thời gian này. Tuy nhiên, cuộc Cải cách bị đảo ngược đột ngột khi Mary I lên ngôi nữ hoàng sau cái chết của em mình (Edward VI). Chỉ đến thời trị vì của Nữ hoàng Elizabeth I (1558-1603), Giáo hội Anh mới được xác lập như là một giáo hội cải cách.

Trong thế kỷ 16, tôn giáo đóng vai trò quan trọng như là một nhân tố nối kết toàn thể xã hội. Những bất đồng tôn giáo chắc chắn sẽ dẫn đến những bất ổn xã hội, những âm mưu thông đồng và cầu viện binh lực nước ngoài để lũng đoạn triều chính hay lật đổ ngai vàng. Giải pháp của Elizabeth I nhằm giải quyết các bất đồng tôn giáo mà không cần đổ máu là xác lập một định chế giáo hội với nghi thức thờ phụng sao cho mọi người đều có thể dự phần, với một hệ thống thần học có thể bảo đảm sự đồng thuận của các khuynh hướng khác nhau về cung cách luận giải Kinh Thánh. Do đó, cần có sự bao dung cho nhiều quan điểm dị biệt và cần xem chúng là hợp pháp. Trong khi phần lớn dân chúng tỏ ra muốn đồng hành với thiết chế tôn giáo này, những nhóm cực đoan ở hai thái cực thần học không chấp nhận, và những rạn nứt bắt đầu xuất hiện bên trên bề mặt của sự hiệp nhất tôn giáo tại Anh.

Trong thế kỷ kế tiếp, có những dịch chuyển quan trọng hoặc về phía phong trào Thanh giáo hoặc về phía các trào lưu thiên về Công giáo. Cần nên biết rằng vào thời ấy, khái niệm về quyền tự do tôn giáo là không thể chấp nhận, vì vậy, cũng dễ hiểu khi mục tiêu của các nhóm đấu tranh là làm thế nào để kiểm soát giáo hội chứ không phải để được hưởng quyền tự do tôn giáo. Theo tiêu chuẩn của Âu châu lục địa, mức độ bạo động tôn giáo tại Anh tuy không cao, nhưng cũng đủ làm mất mạng một quân vương (Charles I) và một Tổng Giám mục Canterbury (William Laud). Kết quả sau cùng của cuộc chính biến phục hồi vương quyền của Charles II là nỗ lực trở lại các lý tưởng thời kỳ Elizabeth I. Tóm lại, trong giai đoạn này, đa số cư dân tại Anh chọn lựa con đường trung dung, còn đứng tại hai cực đối nghịch nhau là các nhóm Công giáo Rô-ma và Thanh giáo, mỗi nhóm đều đủ mạnh để tự bảo vệ mình khỏi bị nuốt chửng bởi nhóm kia, và đủ khôn ngoan để có thể tồn tại bên ngoài giáo hội thay vì tìm cách kiểm soát giáo hội. Cuộc cải cách tại Anh được xem là hoàn tất vào thời điểm này.

Mặc dù thiết chế Elizabeth I đã không giành được sự đồng thuận của toàn thể dân Anh thời đó, Anh giáo hiện nay đang phát triển tại nhiều nơi trên thế giới, một thành quả vượt quá mọi sự mong đợi của mọi tín hữu Anh giáo thế kỷ 16 và 17.